Ján Budaj ist Politiker, einer der Mitbegründer der 1989 entstandenen Bewegung „Öffentlichkeit gegen Gewalt”. In der Zeit des Kommunismus war er aktives Mitglied der kulturellen und politischen Opposition. In den Jahren 1971-1989 wurde er oftmals verhört und verhaftet, und von der Universität exmatrikuliert, wo er Mathematik und Physik studierte; zwischen 1976-1989 arbeitete er als Heizer und Arbeiter. Er ist Coautor des Buches Bratislava/nahlas, das als ein wichtiger Schritt im Kampf gegen das Regime in der Slowakei angesehen wird. Im November 1989 wurde Budaj einer der Anführer von „Öffentlichkeit gegen Gewalt”, die er später als Vorsitzender zu einem Sieg bei der Wahl 1990 geführt hat.
In den Jahren 1991-1993 war er unabhängiger Publizist und Verleger, später kehrte er in die Politik zurück. Zwischen 1997-1998 war er einer der Hauptaktivisten, die sich für den Beitritt der Slowakei in die NATO und die Europäische Union engagiert haben. Er war auch in der Verteidigung der Demokratie und der Verfassungsmässigkeit des politischen Systems aktiv. Nach der gewonnenen Wahl von 1998 wurde er Vorsitzender des Kommittees für Kultur und Medien (1998-2002). Später konzentrierte er sich auf Umweltpolitik. Seit 2006 arbeitet er bei der Kommunalverwaltung in Bratislava.