Ján Budaj jest politykiem, jednym z założycieli ruchu Społeczeństwo Przeciwko Przemocy, powstałego w 1989. W okresie komunizmu był aktywnym członkiem opozycji kulturowej i politycznej. W latach 1971-1989 wielokrotnie był przesłuchiwany i więziony, został także wyrzucony z uniwersytetu, gdzie studiował matematykę i fizykę; w latach 1976-1989 pracował jako palacz i robotnik. Jest współautorem książki Bratislava/nahlas, która uznawana jest za ważny krok w walce z reżimem na Słowacji. W listopadzie 1989 Budaj został jedynym z liderów Społeczeństwa Przeciwko Przemocy, które później jako przewodniczący doprowadził do zwycięstwa w wyborach w 1990.
W latach 1991-1993 był niezależnym publicystą i wydawcą, później powrócił do polityki. W latach 1997-1998 był jednym z głównych działaczy na rzecz przyjęcia Słowacji do NATO i do Unii Europejskiej. Działał także w obronie demokracji i konstytucyjności ustroju. Po wygranych wyborach w 1998 został przewodniczącym Komitetu ds. Kultury i Mediów (1998-2002). Później skupił się na polityce ekologicznej. Od 2006 roku pracuje we władzach samorządowych Bratysławy.