Ján Budaj je politikom a jedným z tých, ktorí v roku 1989 vytvorili hnutie Verejnosť proti násiliu. V čase komunizmu sa aktívne zapájal do činností kultúrnej a politickej opozície. V rokoch 1971-1989 bol niekoľkokrát vypočúvaný a väznený a vyhodili ho z univerzity, kde študoval matematiku a fyziku. V rokoch 1976-1989 pracoval ako kurič a robotník. Je spoluautorom knihy Bratislava/nahlas, ktorá je vnímaná ako dôležitý krok v boji s režimom na Slovensku. V novembri 1989 sa Ján Budaj stal jedným z vodcov Verejnosti proti násiliu, ktoré, už ako predseda, doviedol v roku 1990 k víťazstvu vo voľbách.
V rokoch 1991-1993 bol nezávislým publicistom a vydavateľom, neskôr sa vrátil do politiky. V rokoch 1997-1998 bol jedným z hlavných aktivistov za prijatie Slovenska do NATO a do Európskej únie. Bol aktívny aj pri obrane demokratickosti a ústavnosti systému. Po víťazných voľbách v roku 1998 sa dostal do funkcie predsedu Výboru pre kultúru a médiá (1998-2002). Neskôr sa sústreďoval na ekologickú politiku. Od roku 2006 pracuje ako poslanec Mestského zastupiteľstva v Bratislave.